A Subsecretaria Militar do Gabinete de Segurança Institucional será dirigida por um Subsecretário de Estado, oficial do último posto da Polícia Militar do QOPM, com a colaboração de dois Subsecretários Adjuntos, cargos estes ocupados por oficiais superiores do QOPM ou do QOBM.
Órgãos de Assistência Direta e Imediata ao Subsecretário
- Coordenação de Segurança Pessoal
* Divisão de Planejamento, Operações, Escolta, Segurança, Pessoal e Administração
* Divisão de Capacitação Técnica
- Coordenação de Segurança das Instalações e Acessibilidade aos Palácios
* Divisão de Credenciamento, Circulação, Patrimônio e Controle de Viaturas
Superintendência de Transportes
- Coordenação de Transportes Terrestres
* Divisão de Administração e Operações
* Divisão de Controle de Material
* Divisão de Manutenção de Informática e Telefonia
* Coordenadoria de Aeronaves Remotamente Pilotadas
Superintendência de Gestão do Corpo Funcional
- Coordenação de Recursos Humanos
- Coordenação de Saúde
Assessoria de Inteligência
- Coordenação de Processamento de Informações
* Divisão de Análise e Operações
* Divisão de Contra Inteligência